Trakų mečetė 1609 m. buvo sunaikinta į atlaidus susirinkusios fanatikų minios. Mečetė Dūdakalnyje buvo sudeginta. Ji nebuvo atstatyta, nes labai sumažėjo Trakuose totorių. Prie šio akto prisidėjo vyskupas Benediktas Vaina, kuris buvo didžiausias kitatikių priešas ir jo požiūris pasitarnavo kitatikių nykimui. XVII a. pirmame ketvirtyje Lietuvos totorius palietė religinių kovų atgarsiai, nors totoriai ir nebuvo įvardijami tiesioginiais katalikų priešais, bet liaudis nesigilindama atlikdavo veiksmus, nukreiptus prieš kitatikius, po kurių ranka pakliuvo ir Lietuvos totoriai.