Pagrindinė Dievo namų ašis, kaip ir visų mečečių, nukreipta į Meką. Pastatas nugriautas 1930 m.
Teritorijoje buvo pastatyti parapijos namai su keturiais butais ir keli ūkinę
paskirtį turintys pastatai. Statiniai dėl avarinės būklės buvo nugriauti iki 1940 m.
Mūrinė totorių mečetė pastatyta 1930–1933 m.. Projekto autoriai architektai V. Michnevičius ir A. Netyksa. Projekto viršuje kairėje pusėje parašytas pirmas mečetės pavadinimas: „Kauno mečetės Lietuvos Didžiojo kunigaikščio Vytauto vardo“ projektas. Mūrinė mečetė buvo pastatyta Kauno totorių draugijos iniciatyva. Pastatas sumūrytas iš tuščiavidurių betono blokelių, viduje ir išorėje sienos tinkuotos. Perdangą laiko metalinės sijos. Pertvaros medinės, stogas dengtas skarda. Didžioji kupolo konstrukcija dviguba kiautinė. Pastatas nedidelis, grakščių proporcijų. Mečetės vidus buvo dekoruotas ornamentine tapyba, langai inkrustuoti įvairiaspalviu stiklu, portalo durys puoštos aštuoniakampio motyvais.
Pokario metais pastatas turėjo ūkinę paskirtį. 1972–1973 m. kapitaliai suremontuotas pagal architekto Z. Dargio projektą. Iš pietinės pusės pristatyta atvira gelžbetoninė galerija. Pastatas buvo remontuotas. 1991 m. Kauno miesto mero sprendimu mečetė grąžinta Lietuvos totorių musulmonų sunitų bendruomenei. Pastatas buvo keletą kartų remontuotas. 2019–1920 m. mečetės pastatas vėl remontuotas.